Йоан III Дука Ватаци (на гръцки: Ιωάννης Γ΄ Δούκας Βατάτζης, Iōannēs III Doukas Vatatzēs, Johannes III Dukas Vatatzes) е император на Никейската империя от династията Ватаци – Ласкариди, управлявал в периода 1222 – 1254 г..